La cripta della chiesa del SS. Crocifisso presenta, come la chiesa superiore, una pianta basilicale a tre piccole navate, separate da due archi e chiuse da tre absidi semicircolari. Ogni navata è divisa in due campate con volta a crociera, poggianti su due pilastri centrali che inglobano antiche colonne di spoglio. Sullo sfondo dell’abside centrale e lungo la parete settentrionale, in corrispondenza di via dei Mercanti, ci sono monofore, ritrovate murate e riaperte durante i lavorini restauro eseguiti negli anni ’50. L’altare in travertino, di recente fattura, riproduce nel materiale e nella forma quello originale ritrovato frammentario nell’abside centrale. Il corridoio esistente lungo la parete settentrionale farebbe presupporre che la cripta doveva avere. le stesse dimensioni della chiesa superiore dalle colonne centrali alle absidi, escluso il pronao.

Sulla parete occidentale vi è un grande affresco raffigurante la crocifissione, databile tra il XIII e il XIV secolo. La maestosa figura del Cristo agonizzante divide lo spazio in due settori: quello di sinistra è occupato dal gruppo delle pie donne con al centro la vergine inginocchiata e sorretta dalla Maddalena e da Maria di Cleofa, quello di destra è occupato invece da tre figure di santi, S. Giovanni, S. Giuseppe d’Arimatea e Nicodemo. Ai lati della Crocifissione sono due soldati con corazza e tunica, di dimensioni ridotte rispetto alle altre figure, uno dei quali ferisce con una lancia il costato del Cristo. In alto vi sono quattro angeli: due sono in contemplazione e due raccolgono in coppe il sangue di Gesù morente. Si tratta di un documento unico a Salerno che sta a testimoniare la ricchezza dei riferimenti culturali che fecero grande l’arte fiorita alla corte dei D’Angiò a Napoli e nel Principato. Un’ arte che seppe aprirsi anche a stimoli che giungevano dalle coste occidentali del Mediterraneo: dalla Catalogna, dal Roussillon, dalla Provenza, anche sulla scia delle vicende personali di Carlo II lo Zoppo, eletto principe di Salerno nel 1271 e re di Napoli nel 1289.